云南生物有機肥與普通肥料不同的是含有大量的微生物活性菌，農作物施肥后能否有良好的效果不僅取決于生物有機肥的產品質量，也與使用的方法有關。需要根據天氣、土壤、農作物等情況采用合適的使用方法。比如為了保障生物有機肥中的微生物存活量足夠，要避免陽光直射生物菌肥，在陰涼處拌種后及時播種并覆土。在陰天或晴天的傍晚使用，可以使生物有機肥發揮更大的作用。除此之外，不同的作物應選用不同的施肥方法，常見的有以下幾種。

撒施法：聯結深耕或在播種時將生物有機肥均勻地施在根系集中散布的區域和經常維持濕潤情況的土層中，做到土肥相融。

條狀溝施法：條播作物或葡萄、獼猴桃等果樹，開溝后施肥播種或在距離果樹5厘米處開溝施肥。

環狀溝施法：蘋果、桃、柑橘等幼年果樹，距樹桿20—30厘米，繞樹桿開一環狀溝，施肥后覆土。

施射狀溝施：蘋果、桃、柑橘等成年果樹，距樹干30厘米處，按果樹根系舒展情況向四周開4—5個50厘米長的溝，施肥后覆土。
穴施法：點播或移栽作物，如玉米、棉花、西紅柿等，將肥料施入播種穴，此后播種或移栽。

拌種法：玉米、小麥等大粒種子，用4千克生物有機肥與畝用種子量拌勻后一起播入泥土；油菜、煙草、蔬菜、花卉等小粒種子，用1千克生物有機肥與畝用種子量拌勻后一起播入泥土。

蘸根法：對移栽作物，如水稻、西紅柿等，按生物有機肥加5份水配成肥料懸濁液，浸蘸苗根，此后定植。

蓋種肥法：開溝播種后，將生物有機肥均勻地覆蓋在種子上面。

云南生物有機肥的有機質和養分含量各不相同，在使用前應注意肥料的含量配比，并根據土壤的質地和肥力適量施肥。并且生物有機肥還可以與其他復合肥料搭配使用，達到更好的使用效果。