生物有機肥料符合生產清潔綠色農產品的肥料原則要求，只有在使用生物有機肥料時學習正確的方法，才能取得良好的效果。生物有機肥料是一種以特定功能性微生物和有機物為主要成分的微生物菌肥，其原料主要來源于動植物殘留物，通過有機肥發酵工藝進行無害化處理和分解，具有微生物肥料和有機肥料的作用。

首先，將云南生物有機肥料深施于土壤層是錯誤的，有機肥料依靠其微生物的活性倆分解有機物，因此只有在一定的溫度，濕度，透氣性和有機物條件下才能實現活性。施肥太深會影響生物肥料的活性。

其次，在施用生物有機肥料時，不建議與單一化學肥料混合使用。單一肥料的酸度和堿度與單一成分的酸度和堿度不同。當大量施用時，它不可避免地影響生物有機肥料的生物活性。因此，生物有機肥料要分開施用。

另外，特別是對于茄類蔬菜，云南生物有機肥料穴施更為重要。并且不可避免地會出現重復種植的現象。即使補充了一些生物肥料和微肥，由于諸如溫度，濕度，透氣性和有機物等條件以及幼苗的弱根的影響，也難以立即見效。它促進土壤肥力，提高土壤滲透性，促進根系快速生長和發育；另一方面，它是由于有機肥料不完全分解和化學肥料缺乏分解而造成的營養缺乏癥，可以減少并提供根系養分。及時供應，給根系提供良好的成長環境，促進根系早日形成。